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Entre as características consideradas na classificação das algas, destacam-se basicamente duas: o tipo de pigmento fotossintetizante e a presença de substâncias de reservas armazenadas no interior das células, existindo seis filos distintos de acordo com o quadro abaixo:

Euglenophyta → organismos unicelulares com dois flagelos, possuindo em seu interior estrutura chamada estigma, desempenhando função sensorial, proporcionando orientação a partir de uma fonte luminosa. Podem, conforme a baixa disponibilidade de luz, inativar seus cloroplastos, realizando nutrição heterotrófica, retornando a situação autotrófica em condições favoráveis.

Dinophyta → organismos unicelulares, com endoesqueleto formado por delgadas placas justapostas, próximas à face interna da membrana plasmática. Podem se reunir estabelecendo colônias, produzindo toxinas em quantidade suficiente para provocar grande mortandade de peixes e outros animais.

Bacillariophyta → organismos com parede celular desprovidas de celulose, porém impregnada com sílica (carapaça), conferindo aspecto rijo e uma enorme variedade de formas.

Phaeophyta → organismos marinhos de regiões temperadas (água fria), e dimensões consideráveis, medindo aproximadamente 70 metros de comprimento, representados por algas pardas conhecidas por kelps.

Rhodophyta → organismos multicelulares marinhos (algas vermelhas), com alto teor em vitamina C, utilizados na culinária oriental para preparação de sushi.

Chlorophyta → organismos clorofilados, uni ou pluricelulares com ampla distribuição nos mais diversos ambientes aquáticos, ocupando também locais onde a umidade é constante (no tronco de árvores ou aderidas na superfície de rochas).