Entre as características consideradas na classificação das algas, destacam-se basicamente duas: o tipo de pigmento fotossintetizante e a presença de substâncias de reservas armazenadas no interior das células, existindo seis filos distintos de acordo com o quadro abaixo:
Filo
Pigmento Fotossintetizante
Substância de Reserva
Euglenophyta
(euglenas)
Clorofila A e b
Carotenóides
Xantofila
Paramilo
Dinophyta
(dinoflageladas)
Clorofila A e C
Carotenóides
Peridinina
(pigmento: marrom-avermelhada)
Amido
Bacillariophyta
(diatomáceas)
Clorofila A, C e E
Carotenóides
Xantofila
Fucoxantina
(pigmento: marrom)
Crisolaminarina
Phaeophyta
(algas pardas)
Clorofila A [...]